Основы моделирования молекулярной динамики

Основы моделирования молекулярной динамики
Галимзянов Б.Н., Мокшин А.В. Серия Физика ISBN 978-5-4344-0532-4 Издательство «ИКИ» 2018 г.
Обложка, 106 стр.
Формат 30*84 1/16
Вес  120 г
240

Аннотация

В настоящем учебном пособии представлен базовый материал, необходимый для овладения знаниями и первичными навыками по компьютерному моделированию молекулярной динамики. Пособие включает в себя краткий лекционный материал, раскрывающий ключевые идеи и понятия, описание и примеры компьютерных программ, блок-схем основных процедур молекулярно-динамических расчетов, а также набор задач, связанных как с численными расчетами, так и визуализацией результатов моделирования. При работе с учебным пособием потребуется владение знаниями по классической механике, статистической физике и термодинамике, а также навыки в программировании. Работа с настоящим учебным пособием позволит овладеть навыками по составлению алгоритмов, связанных с моделированием молекулярной динамики; понять физические принципы, лежащие в основе современных вычислительных пакетов по компьютерному моделированию динамики многочастичных систем. Учебное пособие предназначено для студентов бакалавриата и магистратуры физических специальностей высших учебных заведений, а также для аспирантов естественно-научных специальностей, интересующихся реализацией моделирования динамики многочастичных систем.

Содержание

Введение
Глава 1. Реализация метода молекулярной динамики § 1.1. Динамика атомов и молекул § 1.2. Уравнения движения § 1.3. Интегрирование уравнений движения § 1.4. Краевые (граничные) условия § 1.5. Статистические ансамбли § 1.6. Термостатирование и баростатирование
Глава 2. Потенциалы взаимодействия § 2.1. Виды потенциалов § 2.2. Модели твердых и мягких сфер § 2.3. Парные потенциалы Леннард-Джонса и Джугутова § 2.4. Трехчастичный потенциал Стиллинжера-Вебера § 2.5. Сила и ускорение частиц § 2.6. Оптимизация расчетов. Список Верле
Глава 3. Обработка результатов моделирования § 3.1. Сохранение и загрузка конфигурации системы § 3.2. Визуализация результатов § 3.3. Построение графиков в программном пакете Матлаб
Глава 4. Моделирование молекулярной динамики твердых тел и жидкостей § 4.1. Этапы моделирования § 4.2. Начальные условия. Исходная конфигурация системы § 4.3. Функция радиального распределения частиц § 4.4. Моделирование фазовых переходов в модельной системе Леннард-Джонса 1
Задания для контроля знаний Приложение Литература