В настоящем учебном пособии представлен базовый материал, необходимый для овладения знаниями и первичными навыками по компьютерному моделированию молекулярной динамики. Пособие включает в себя краткий лекционный материал, раскрывающий ключевые идеи и понятия, описание и примеры компьютерных программ,
Введение
Глава 1. Реализация метода молекулярной динамики
§ 1.1. Динамика атомов и молекул
§ 1.2. Уравнения движения
§ 1.3. Интегрирование уравнений движения
§ 1.4. Краевые (граничные) условия
§ 1.5. Статистические ансамбли
§ 1.6. Термостатирование и баростатирование
Глава 2. Потенциалы взаимодействия
§ 2.1. Виды потенциалов
§ 2.2. Модели твердых и мягких сфер
§ 2.3. Парные потенциалы
§ 2.4. Трехчастичный потенциал
§ 2.5. Сила и ускорение частиц
§ 2.6. Оптимизация расчетов. Список Верле
Глава 3. Обработка результатов моделирования
§ 3.1. Сохранение и загрузка конфигурации системы
§ 3.2. Визуализация результатов
§ 3.3. Построение графиков в программном пакете Матлаб
Глава 4. Моделирование молекулярной динамики твердых тел и жидкостей
§ 4.1. Этапы моделирования
§ 4.2. Начальные условия. Исходная конфигурация системы
§ 4.3. Функция радиального распределения частиц
§ 4.4. Моделирование фазовых переходов в модельной системе
Задания для контроля знаний
Приложение
Литература