Данное издание является первым и единственным в своем роде задачником по биоинформатике, в котором богатая подборка задач сопровождается подробными решениями. Следуя структуре книги «Анализ биологических последовательностей» Дурбина Р., Эдди Ш., Крог А., Митчисон Г. (НИЦ «РХД», 2006), авторы значительно расширяют набор поддающихся решению задач. Таким образом, обе эти книги представляют собой полноценный учебный комплект, который был опробован и одобрен в зарубежных университетах, и может успешно использоваться в российских вузах на соответствующих специальностях. Предлагаемый задачник способствует более глубокому пониманию теоретического материала, изложенного в книге Р. Дурбина и др., а также позволяет освоить практические навыки рационального решения биологических задач, что является залогом успешных исследований в таких стремительно развивающихся областях науки, как биоинформатика и системная биология.

Предисловие
Введение

ГЛАВА 1. ЗНАКОМСТВО С ПРЕДМЕТОМ
1.1. Оригинальные задачи
1.2. Дополнительные задачи
1.3. Дополнительная литература

ГЛАВА 2. ПОПАРНОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ
2.1. Оригинальные задачи
2.2. Дополнительные задачи и теория
2.3. Дополнительная литература

ГЛАВА 3. МАРКОВСКИЕ ЦЕПИ И СКРЫТЫЕ МАРКОВСКИЕ МОДЕЛИ
3.1. Оригинальные задачи
3.2. Дополнительные задачи и теория
3.3. Дополнительная литература

ГЛАВА 4. ПОПАРНОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ С ПОМОЩЬЮ СММ
4.1. Оригинальные задачи
4.2. Дополнительные задачи
4.3. Дополнительная литература

ГЛАВА 5. ПРОФИЛЬНЫЕ СММ ДЛЯ СЕМЕЙСТВ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
5.1. Оригинальные задачи
5.2. Дополнительные задачи и теория
5.3. Дополнительная литература

ГЛАВА 6. МЕТОДЫ МНОЖЕСТВЕННОГО ВЫРАВНИВАНИЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
6.1. Оригинальная задача
6.2. Дополнительные задачи и теория
6.3. Дополнительная литература

ГЛАВА 7. ПОСТРОЕНИЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ ДЕРЕВЬЕВ
7.1. Оригина льные задачи
7.2. Дополнительные задачи
7.3. Дополнительная литература

ГЛАВА 8. ВЕРОЯТНОСТНЫЕ ПОДХОДЫ К ФИЛОГЕНИИ
8.1. Оригинальные задачи
8.2. Дополнительные задачи и теория
8.3. Дополнительная литература

ГЛАВА 9. ТРАНСФОРМАЦИОННЫЕ ГРАММАТИКИ
9.1. Оригинальные задачи
9.2. Дополнительная литература

ГЛАВА 10. АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ РНК
10.1. Оригинальные задачи
10.2. Дополнительная литература

ГЛАВА 11. ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ СВЕДЕНИЯ ИЗ ТЕОРИИ ВЕРОЯТНОСТЕЙ
11.1. Оригинальные задачи
11.2. Дополнительная задача
11.3. Дополнительная литература

Литература
Предметный указатель