Корзина

Рекомендуем новинку
Прель А.,
Прель Т.
Почему мы выросли такими? 520

Искусство молекулярной динамики

Искусство молекулярной динамики
Рапапорт Д.К. Серия Математическая биология, биофизика ISBN 978-5-4344-0083-1 Издательство «ИКИ» 2012 г.
Переплет, 632 стр.
Формат 60*84 1/16
Вес  700 г
0

Аннотация

Метод молекулярной динамики является мощным инструментом исследований. Моделирование методом молекулярной динамики включает в себя решение классической задачи многих тел в контексте исследования материи на атомном уровне. Никакой другой подход не способен справиться с таким широким кругом задач с требуемым уровнем детализации, поэтому молекулярная динамика оказалась незаменимым инструментом как в фундаментальных, так и в прикладных исследованиях. Данная книга сочетает в себе учебник и сборник рецептов. Таким образом, для новичков книга может служить в качестве введения в предмет, а для продвинутых пользователей — в качестве справочного издания. Книга состоит из ряда примеров, которые шаг за шагом научат читателя формулировать задачу, создавать необходимые программы и использовать их для проведения конкретных вычислений.

Содержание

Предисловие к первому изданиюПредисловие ко второму изданиюО программном обеспеченииГЛАВА 1. Введение1.1. Исторические предпосылки1.2. Компьютерное моделирование1.3. Молекулярная динамика1.4. Структура книги1.5. Литература для дальнейшего изученияГЛАВА 2. Основы молекулярной динамики2.1. Введение2.2. Жидкость с мягкими дисками2.3. Методология2.4. Программирование2.5. Результаты2.6. Дополнительные заданияГЛАВА 3. Моделирование простых систем3.1. Введение3.2. Уравнения движения3.3. Потенциальные функции3.4. Расчет взаимодействий3.5. Методы интегрирования3.6. Начальное состояние3.7. Оценка производительности3.8. Чувствительность траекторий3.9. Дополнительные заданияГЛАВА 4. Равновесные свойства простых жидкостей4.1. Введение4.2. Термодинамические измерения4.3. Структура4.4. Исследования упаковки4.5. Кластерный анализ4.6. Дополнительные заданияГЛАВА 5. Динамические свойства простых жидкостей5.1. Введение5.2. Коэффициенты переноса5.3. Измерение коэффициентов переноса5.4. Пространственно-временные функции корреляции5.5. Измерения5.6. Дополнительные заданияГЛАВА 6. Альтернативные ансамбли6.1. Введение6.2. Методы с обратной связью6.3. Методы с ограничениями6.4. Дополнительные заданияГЛАВА 7. Неравновесная динамика7.1. Введение7.2. Однородные и неоднородные системы7.3. Прямые измерения7.4. Модифицированная динамика7.5. Дополнительные заданияГЛАВА 8. Жесткие молекулы8.1. Введение8.2. Динамика8.3. Конструирование молекул8.4. Измерения8.5. Представление посредством матриц поворота8.6. Дополнительные заданияГЛАВА 9. Гибкие молекулы9.1. Введение9.2. Описание молекулы9.3. Подробности реализации9.4. Свойства9.5. Моделирование формирования структуры9.6. Модели поверхностно-активных веществ9.7. Поведение ПАВ9.8. Дополнительные заданияГЛАВА 10. Молекулы с геометрическими ограничениями10.1. Введение10.2. Геометрические ограничения10.3. Решение задачи ограничений10.4. Внутренние силы10.5. Подробности реализации10.6. Измерения10.7. Дополнительные заданияГЛАВА 11. Внутренние координаты11.1. Введение11.2. Координаты цепи11.3. Кинематические и динамические соотношения11.4. Рекурсивное описание динамики11.5. Решение рекурсивных уравнений11.6. Подробности реализации11.7. Измерения11.8. Дополнительные заданияГЛАВА 12. Взаимодействие многих тел12.1. Введение12.2. Силы в системе трех тел12.3. Подход погруженного атома12.4. Дополнительные заданияГЛАВА 13. Дальнодействующие взаимодействия13.1. Введение13.2. Метод Эвальда13.3. Подход древовидного кода13.4. Быстрый метод мультиполей13.5. Реализация быстрого метода мультиполей13.6. Результаты13.7. Дополнительные заданияГЛАВА 14. Ступенчатые потенциалы14.1. Введение14.2. Вычислительный подход14.3. Управление событиями14.4. Свойства14.5. Обобщения14.6. Дополнительные заданияГЛАВА 15. Зависящие от времени явления15.1. Введение15.2. Открытые системы15.3. Тепловая конвекция15.4. Затрудненный поток15.5. Дополнительные заданияГЛАВА 16. Динамика сыпучих сред16.1. Введение16.2. Модели сыпучих сред16.3. Вибрирующий сыпучий слой16.4. Волновые структуры16.5. Дополнительные заданияГЛАВА 17. Алгоритмы для суперкомпьютеров17.1. Введение17.2. В поисках производительности17.3. Методы параллельных вычислений17.4. Распределенные вычисления17.5. Параллельные вычисления с совместно используемой памятью17.6. Методы векторной обработки данных17.7. Дополнительные заданияГЛАВА 18. Подробнее о программном обеспечении18.1. Введение18.2. Структуры и макроопределения18.3. Присвоение памяти массивам18.4. Служебные функции18.5. Организация входных данных18.6. Файлы моментальной конфигурации18.7. Выполнение широкомасштабных вычислений18.8. Файлы заголовковГЛАВА 19. Будущее19.1. Роль моделирования19.2. Пределы развития19.3. Визуализация и интерактивность19.4. ЗаключениеПриложениеЛитератураСписок функцийПредметный указательКолофон